11 Время оживить потерянное за стенами... (Часть первая)
Beyond the Gate, Recovering the Lost... (1st Volume)
(壁の中、なくしたものを取り戻すとき…(前編))

По заданию «Организации» Хэй внедряется в исследовательский центр Пандора. Ему требуется вернуть объект, именуемый «осколок метеорита». По пути в институт он знакомится со студенткой Токийского университета Кориной. Она не проходит проверки безопасности и её уводят в неизвестном направлении. В институте Хэй вступает в контакт с другим агентом «Организации» — Миной Кандар Свами, однако она почти ничем не может помочь в поисках, также он знакомится с одним из учёных Ником, разделяющим увлечение Хэя телескопами и звёздами. Спустя некоторое время Хэй встречает Корину, она явно сходит с ума — слышит голоса, общается с умершими людьми… Вскоре её убивает неизвестный контрактор, а служба безопасности выясняет, что она работала на ЦРУ, но хотела вернуть осколок метеорита. Вскоре после этого Хэй участвует в эксперименте: в зону аномалии направляют радиоуправляемого робота с камерой, а работники института должны фиксировать возникающие ощущения. Камера робота находит на территории аномалии украденный «осколок метеорита», а Хэй видит свою пропавшую сестру.

12 Время оживить потерянное за стенами... (Часть вторая)
Beyond the Gate, Recovering the Lost... (2nd Volume)
(壁の中、なくしたものを取り戻すとき…(後編))

Ник в составе группы исследователей отправляется на территорию аномалии за осколком. Группа погибает — в живых остаётся только он сам. Мина делится с Хэем своими подозрениями — она считает, что Ник — контрактор, который убил свою группу. Ночью Ник проникает в аномальную зону, чтобы вернуть осколок. Его, по заданию «Организации», преследует глава службы безопасности и Хэй. Вскоре Ник убивает первого преследователя и начинает бой с Хэем.

13 Сердце дрожит на водной глади серебряной ночью...(Часть первая)
On a Silvery Night, the Heart Shakes on the Water's Surface...(1st Volume)
(銀色の夜、心は水面に揺れることなく…(前編))

Два агента ФСБ прибывают в Токио с заданием получить информацию об «Организации». Они убивают одного из выследивших их агентов и захватывают духа-наблюдателя Инь, из-за чего она теряет память и начинает бессмысленно бродить по улицам. Тем временем Куросава Гай и Кико получают задание разыскать Инь от её бывшего учителя музыки Эриса. Случайно Кико встречает Инь на улице. Агенты ФСБ заманивают Инь в ловушку, привлекая её собственным духом-наблюдателем. Хэй и Мао пытаются её спасти. В суматохе Эрис, Куросава Гай и Кико увозят Инь. Они решают спрятать её на горячих источниках.

14 Сердце дрожит на водной глади серебряной ночью...(Часть вторая)
On a Silvery Night, the Heart Shakes on the Water's Surface...(2nd Volume)
(銀色の夜、心は水面に揺れることなく…(後編))

Агенты ФСБ выслеживают Инь. Эрис пытается спрятать её в заброшенном здании. Хэй и Хуан убивают агентов ФСБ. Инь отказывается ехать с Эрисом и остаётся в группе Хэя.

15 Воспоминания предателя, янтарная улыбка... (Часть первая)
Memory of Betrayal, the Amber Smile... (1st Volume)
(裏切りの記憶は琥珀色の微笑み…(前編))

Апрель случайно встречает на улице Амбер. Она успевает оставить сообщение об этом Ноябрю 11, прежде чем машина с ней внутри взрывается. Члены ИПР крадут у MI6 осколок метеорита и устраивают серию взырвов в штаб-квартирах английской разведки в Токио. Позже взрыв раздаётся в токийской штаб-квартире ЦРУ и посольстве Китая. Хэй встречается с Ноябрём 11, от которого узнаёт, что Амбер в Токио. Маки и Амагири нападают на Ноября 11.

16 Воспоминания предателя, янтарная улыбка... (Часть вторая)
Memory of Betrayal, the Amber Smile... (2nd Volume)
(裏切りの記憶は琥珀色の微笑み…(後編))

Амбер похищает Инь, чтобы встретиться с Хэем. Маки и Амагири захватывают Ноября 11 и предлагают ему присоединиться к ИПР. Джек отказывается, а Мисаки с отрядом спецназа освобождает его. Хуан, по приказу «Организации», пытается не пустить Хэя на встречу с Амбер, однако тот сбегает. По пути Маки пытается остановить Хэя, в бой вмешивается Ноябрь 11 и Июль. Вместе они убивают Маки. Хэй встречается с Амбер, она делает ему предложение присоединиться к ИПР.

17 На груде мусора звучит песня о любви...(Часть первая)
A Love Song is Sung in a Rubbish Heap...(1st Volume)
(掃きだめでラブソングを歌う…(前編))

Хэй знакомится с Кенджи из клана якудза Накадзава. Его старший брат выполняет заказ по доставке в Японию «кукол». Добыть одну из них — задание Хэя. Именно Кенджи поручают заботится о ней. Пытаясь спасти «куклу» от продажи, Кенджи похищает её и прячется в квартире Хэя.

18 На груде мусора звучит песня о любви...(Часть вторая)
A Love Song is Sung in a Rubbish Heap...(2nd Volume)
(掃きだめでラブソングを歌う…(後編))

Хэй и Инь пытаются помочь Кенджи сбежать, однако он вновь попадает в руки якудза. Дух-наблюдатель похищенной куклы помогает Хэю найти место, где их держат. Старший брат Кенджи отпускает их, а его самого убивают в войне кланов якудза.

19 Трезвая мечта о бренности... (Часть первая)
Renouncing Superficial Dreams, and Falling Drunk...(1st Volume)
(あさき夢見し、酔いもせず…(前編))

По приказу Организации Хэй внедряется в секту «Братство врат», чтобы убить её лидера Альму. Под прикрытием секты ИПР организовала сбор кукол для своих нужд. Хэй выходит в контакт с агентом Организации в секте — Шиокой. Убийство Альмы должно произойти во время её встречи с представителем ИПР. Планы срываются из-за Хуана, приказавшего Инь послать духа-наблюдателя. Хэй сбегает, а Шиоко попадает в плен.

20 Трезвая мечта о бренности... (Часть вторая)
Renouncing Superficial Dreams, and Falling Drunk...(2nd Volume)
(あさき夢見し、酔いもせず…(後編))

После провала миссии Хэй и Хуан получают новое задание: убить Альму и Шиоко. Если Хуан не сможет её убить — Мао и Хэй должны убить Хуана. Они освобождают Шиоко, а Альма умирает от старости (старение было её платой за контракт). Хуан не может убить Шиоко и Хэй предлагает им сбежать. Шиоко знает, что люди из «Организации» следят за ними и кончает жизнь самоубийством под колёсами грузовика.

21 Пленённый город, омытый слезами... (Часть первая)
The Enforced City is Moistened by Tears...(1st Volume)
(粛正の街は涙に濡れて…(前編))

«ИПР» похищает профессора Роберта Шрёдера — известного исследователя Врат. В то же время команда Мисаки Кирихары, занимаясь расследованием серии взрывов, подозревает контракторов в подготовке нападения на посольство США. След от профессора тянется в посольство. Поставив дымовую завесу, Хэй проникает на его территорию. Внутри здания посольства Хэй сталкивается с Вей Чжи Цзюнем. Ноябрь 11 входит в контакт с ИПР. Военные части Пандоры берут посольство штурмом.

22 Пленённый город, омытый слезами... (Часть вторая)
The Enforced City is Moistened by Tears...(2nd Volume)
(粛正の街は涙に濡れて…(後編))

Амбер похищает Мао. Ему и Ноябрю 11 она устраивает встречу с профессором Шрёдером, который рассказывает о планах «Организации» по уничтожению контракторов. Хэй проникает в здание, чтобы спасти Мао, а Мисаки, Апрель и Июль — чтобы спасти Ноября 11. Когда Хэй хватает Амбер за голову, чтобы убить — несколько этажей здания начинают светиться. Профессор Шрёдер понимает, что сила, подобная силе Хэя не позволила «Организации» уничтожить Врата в Южной Америке 5 лет назад. Узнав всю правду об «Организации», Ноябрь 11 убивает своего начальника Декаду и ещё нескольких агентов, однако сам получает смертельное ранение.

23 Господь на небесах...
God is in the Heavens...
(神は天にいまし…)

«Организация», узнав о силе Хэя, принимает решение устранить его. Мисаки проводит вечер с Хэем. Один из контракторов, работающих на «Организацию», нападает на Хэя, но быстро погибает от рук Вей Чжи Цзюня. Амбер приглашает Хэя встретиться внутри Врат. Мао, Хуан и Инь решают помочь Хэю. В Токио объявляют мобилизацию.

24 Звездопад
Meteor Shower
(流星雨)

Профессор Шрёдер и Нисидзима рассказывают Мисаки о планах «Организации». Контракторы начинают войну на улицах Токио. У входа в аномальную зону Вей Чжи Цзюнь нападает на Хэя. Хэй убивает его, а Вей Чжи Цзюнь, взорвав себя, открывает проход в зону. Хуан взрывает себя в машине, когда его окружают агенты «Организации». Амагири и Брита уничтожают квантовый ускоритель Кольца Сатурна, при этом Амагири погибает. Вводится в действие второе кольцо Сатурна. Хэй и Инь встречаются во вратах с Амбер.

25 Видит ли Бог Смерти сны, что темнее чёрного?
Seeing a Death God in my Dreams, is it a Darkness Darker than Black?
(死神の見る夢は、黒より暗い暗闇か？)

Хэй отказывается использовать свою силу, чтобы уничтожить город и сделать Врата нейтральной территорией, тогда Амбер использует свою. Узнав, что он использует силу своей сестры, Хэй направляет её, чтобы преобразовать частицы в квантовом ускорителе и, тем самым, предотвратить уничтожение врат. Ёсимицу Хорай убивает Эрика Нисидзиму, чтобы свалить всю вину за инцидент на него. Мисаки арестовывает Ёсимицу Хорая.

26 Beneath the Fully Bloomed Cherry Blossoms
(桜の花の満開の下)

Экстра-эпизод, выпущенный с дисковым изданием сериала (9-ый DVD). Хронологически серия находится до окончания сюжетной линии основного сериала. Сотрудники четвёртого отдела МИДа празнуют цветение сакуры. Хуан поручает Хею откопать объект, похищенный из Врат другим контрактором. В парке Хей и Мао сталкиваются с контрактором, который отбивает объект и нападает на Маю. Хей убивает неизвестного контрактора. Маю пишет рассказ о произошедших событиях. Мао теряет объект. В магазине Маю знакомится с Кико. Кико показывает Маю Хея в его «обычном» обличии Ли Шеньшеня и рассказывает, где тот живёт. Маю начинает искать встречи с Ли. Мисаки узнаёт о встрече Маю с BK-201. Группа под её руководством бросается спасти Маю от Хея. Сайто признаётся Мисаки в любви. Мисаки узнаёт, что Хей — это Ли. Мао случайно разбивает объект (колбу с жидкостью), пространство вокруг заполняется газом и все сотрудники четвёртого отдела теряют сознание и память о последних событиях.